רק בעם ישראל נתפס הציווי לזכור את העבר כמצווה דתית לעם כולו. "זכור ימות עולם בינו שנות דור ודור, שאל אביך ויגדך זקניך ויאמרו לך" (דברים ל"ב, ז').
לפי ציווי זה ראויים להיזכר מעשי התערבותו של אלוקים במהלך ההיסטוריה ותגובות האדם לאותם המעשים, בין שהן חיוביות ובין שהן שליליות.
בישיבת נתיב מאיר נלמדת ההיסטוריה בהתאם לדיסציפלינה המחקרית הכוללת ניתוח מקורות, דיון מעמיק על משמעותם והסקת מסקנות. אולם, לימוד זה לא בא במקום הלכידות והמשמעות שהאמונה היהודית נסכה הן על העבר והן על העתיד היהודי.
בכיתה ט' לומדים התלמידים את הנושא: "פרקים בתולדות עם ישראל בתקופת המשנה והתלמוד ובימי הביניים".
פרקי הלימוד: תקופת שיבת ציון, הנלמדת גם מתוך ספרי עזרא ונחמיה. מלכות החשמונאים בתקופה ההלניסטית. החברה היהודית בשלהי הבית השני. תקופת המשנה בימי השלטון הרומי. תקופת האמוראים. מרכזיות הדתות המונותיאיסטיות- הנצרות והאסלאם בעולם בתקופת ימי הביניים . מעמד היהודים כמיעוט בארצות הנצרות והאסלאם. היצירה היהודית בימי הביניים.
בכיתה י' לומדים התלמידים את הנושא: "המסורת והמודרנה בתולדות העמים ובתולדות ישראל בעת החדשה".
פרקי הלימוד: צמיחת המדינה הריכוזית החל במאה ה-17. התנועות האידיאולוגיות המודרניות. לאומיות המאה ה-19 (ליברליזם, סוציאליזם). מלחמת העולם הראשונה. המשטרים הטוטליטאריים. התמודדות העם היהודי עם אתגרי העת החדשה. מעמד היהודים בעת החדשה משלהי המאה ה-18 עד ראשית המאה ה-20. תנועת ההשכלה היהודית. תנועות וזרמים יהודיים במאות 19-20. ההתעוררות הלאומית היהודית המודרנית.
בסוף השנה נבחנים התלמידים בבחינת בגרות חיצונית בהיקף של יחידת לימוד אחת.
בכיתה י"א לומדים התלמידים את הנושא: "תולדות ישראל במאה העשרים. משואה לתקומה"
פרקי הלימוד: נאציזם ושואה. היישוב היהודי בארץ ישראל במעבר מהשלטון העות'מני לשלטון המנדט. היישוב בארץ ישראל והתנועה הציונית בתקופת מלחמת העולם השנייה.. המאבק להקמת המדינה. מלחמת העצמאות והקמת מדינת ישראל. בעיות יסוד במדינת ישראל בעשורים ראשונים לקיומה בשנות ה-50 וה-60. סוגיות בטחון במדינת ישראל בין השנים 1949-1970. כלכלה והתיישבות במדינת ישראל בעשורים הראשונים למדינה.
בסוף השנה נבחנים התלמידים בבחינת בגרות חיצונית בהיקף של יחידת לימוד אחת.
בנוסף כל תלמיד בכיתה י"א שותף לפרויקט 'חמד ועד', במסגרתו מראיינים התלמידים ניצולי שואה ומעבדים את העדות לעבודה בהיסטוריה אשר הציון בה מהווה חלק מציון הבגרות.